Beasiswa utama berasal dari pemerintah RI, berupa BPPS (Beasiswa Pendidikan Pascasarjana) yang meliputi biaya kuliah, biaya penelitian dan biaya hidup. BPPS diberikan kepada mahasiswa yang berstatus sebagai dosen PTN, dosen Kopertis atau dosen yayasan yang lulus dengan nilai sangat baik pada ujian seleksi. Setiap tahunnya sekitar 40 mahasiswa PPS UNY mendapatkan beasiswa BPPS ini.

Beasiswa lain yang juga berasal dari pemerintah RI adalah Beasiswa Unggulan. Beasiswa ini untuk sementara baru diberikan kepada pegawai atau widyaiswara dari LPMP atau PPPG seluruh Indonesia, dan baru diberikan kepada mahasiswa dari Prodi S2 PEP dan S3 PTK saja. Beasiswa ini juga meliputi biaya kuliah dan biaya hidup. Pada tahun 2006 sejumlah 43 mahasiswa PPS UNY mendapat Beasiswa Unggulan.

Beasiswa lain adalah beasiswa dari pemerintah RI bagi mahasiswa khusus prodi Pendidikan Dasar yang memiliki latar belakang keilmuan pendidikan. Beasiswa ini juga meliputi biaya kuliah dan biaya hidup. Pada tahun 2006 sejumlah 10 mahasiswa prodi Pendidikan Dasar menerima beasiswa ini.