Program Pasca Sarjana Univers Negeri Yogyakarta adalah unit pendidikan setara fakultas yang diberi mandat untuk Mengelola program studi berjenjang S2 (Magister) dan S3 (Doktoral) untuk bidang-bidang ilmu yang dikembangkan oleh Universitas Negeri Yogyakarta.
Direktur PPS bertanggung jawab kepada Rektor Universitas Negeri Yogyakarta.
Hingga tahun 2007 PPS UNY telah mengembangkan 15 prodi. Tiap tahun PPS UNY melayani sekitar 2000 mahasiswa, diantaranya mahasiswa internasional yang belajar di PPS UNY. Dalam pelaksanaan akademik, PPS UNY melibatkan tidak kurang dari 100 dosen dengan kuaifikasi doktor dan profesor. Tenaga pengajar tersebut mayoritas berasal dari fakultas-fakultas dalam lingkup UNY sendiri, tetapi untuk mata kuliah tertentu PPS menghadirkan dosen dari universitas atau lembaga lain di luar UNY.
Pimpinan PPS Program Pasca Sarjana UNY dipimpin oleh seorang Direktur, dan dibantu oleh 2 orang Asisten Direktur. Asisten Direktur 1 bertanggung jawab terhadap urusan akademik, sedangkan Asisten Direktur 2 bertanggung jawab mengenai persoalan administrasi umum, termasuk kepegawaian dan keuangan.
Untuk mengelola urusan-urusan akademik, setiap program studi dipimpin oleh seorang Ketua Prodi yang dibantu oleh seorang Sekretaris Prodi. KAMPUS PPS UNY Kampus PPS UNY terletak tepat di belakang gedung rektorat UNY, di Jl. Gejayan, Karangmalang Yogyakarta. Kampus ini dinilai strategis karena berada di dekat berbagai sarana publik yang penting bagi mahasiswa. Letak yang Strategis PPS UNY berada di lokasi yang sangat strategis karena tidak terlalu jauh dari pusat kota Yogyakarta, hanya sekitar 20 menit dari airport, 20 menit dari terminal bus dan 10 menit dari stasiun KA. Berbagai sarana transportasi menuju dan dari kampus sangat mudah diakses. Berbagai sarana publik tersedia di sekitar kampus, mulai dari hotel, penginapan, ruma kost, toko buku, wartel, warnet, bank, ATM, kantor post, gerai belanja, rumah makan.